La presència de microorganismes com floridures i llevats o micobacteris fa necessari l’ús de desinfectants aptes per a la indústria alimentària. Aquests desinfectants han de ser específics per al tractament d’aquests bacteris, ja que algunes poden tornar-se resistents a aquests productes en algunes ocasions.

Entre els més comuns podem trobar desinfectants clorats, glutaraldehid, sals d’amonis quaternaris, alcohols, peròxid d’hidrogen, àcid peracètic, biguanides polimèriques, amines terciàries, o àcids i àlcalis.