La presencia de microorganismos como mohos y levaduras o microbacterias hace necesario el uso de desinfectantes aptos para la industria alimentaria. Estos desinfectantes deben ser específicos para el tratamiento de dichas bacterias, ya que algunas pueden volverse resistentes a estos productos en algunas ocasiones.

Entre los más comunes podemos encontrar desinfectantes clorados, glutaraldehido, sales de amonios cuaternarios, alcoholes, peróxido de hidrógeno, ácido peracético, biguanidas poliméricas, aminas terciarias, o ácidos y álcalis.