La limpieza química del material de laboratorio no es aconsejable en algunas ocasiones ya que el uso de ciertos productos químicos puede influir de forma negativa en los métodos analíticos que con este material se puedan llevar a cabo. Este sería el caso, por ejemplo, de laboratorios de análisis de agua, donde el uso de productos químicos para la limpieza del material solo puede limitarse a las superficies de cristal.