Llamamos desinfectantes químicos a todas aquellas sustancias químicas que acaban con la vida o desarman a microorganismos patógenos. Entre los principales elementos químicos empleados para la fabricación de este tipo de desinfectantes podemos encontrar: bromo, cloro, ionización de cobre o plata, dióxido de cloro, peróxido de hidrogeno o cloraminas.

Algunos desinfectantes químicos también hacen uso de ozono y UV.